Santé des sols et santé humaine : ce que dit la science

L’essentiel en 5 points

• Le sol est l’habitat le plus riche de la planète : près de 6 espèces sur 10 y vivent, et 95 % de notre alimentation en dépend.
• Il faut environ 1 000 ans pour former 1cm de sol fertile ; quelques jours peuvent suffire à le détruire.
• Le microbiote du sol et notre microbiote intestinal fonctionnent de façon comparable et échangent en permanence, notamment via l’alimentation.
• 62 % des sols européens sont dégradés, avec des effets sur notre alimentation, notre immunité et l’antibiorésistance.
• Bonne nouvelle : un sol appauvri ou tassé se répare en quelques années, à condition de le couvrir et de le nourrir. 

Que se passe-t-il vraiment sous nos pieds ?

Deux bocaux de terre, prélevés le matin même dans un jardin d’Île-de-France : c’est avec eux que Stéphanie Clément-Grandcourt, directrice générale de notre Fondation, a ouvert la soirée, jeudi 17 septembre 2026. Chacun contient plus d’êtres vivants que la Terre ne compte d’humains : bactéries, champignons, acariens, vers… Une étude suisse publiée en 2023 estime que 59 % des espèces de la planète vivent dans les sols. C’est l’habitat le plus riche du monde, et pourtant le plus mal connu : « seules 1 à 10 % des espèces qui le peuplent auraient été décrites » souligne Gaspard Koenig.

« Je ne dirais pas que le sol est un organe. C’est un milieu, un écosystème », précise Claire Chenu, directrice de recherche à INRAE et professeure à AgroParisTech. C’est un écosystème qui travaille pour nous : il décompose feuilles mortes et résidus de culture, stocke du carbone, et répartit l’eau de pluie entre ce qui ruisselle, ce qui reste disponible pour les plantes et ce qui rejoindra les nappes phréatiques. Les vers de terre y jouent aussi un rôle clé : ils enfouissent et fragmentent les débris végétaux, les ensemencent avec leurs propres bactéries et creusent des galeries par lesquelles l’eau s’infiltre.

Combien de temps faut-il pour fabriquer un sol ?

Il faut environ 1 000 ans pour fabriquer un centimètre de sol fertile, avec de fortes variations selon les climats. À l’inverse, une pollution accidentelle avec des hydrocarbures ou des métaux lourds ou un épisode d’érosion peuvent le détruire en quelques jours. « Ce n’est pas l’échelle de nos vies. C’est une ressource que nous pouvons détruire rapidement », résume-t-elle.

Un « sol mort », ça existe ?

Non. Il y a toujours un peu de vie. En Beauce, par exemple 5 à 7 tonnes de paille retournent chaque année à la terre… et disparaissent, digérées par les organismes qui y vivent. Si ces sols étaient morts, on nagerait dans la paille. « Ça ne veut pas dire qu’ils sont en bon état. Mais les sols morts, ça n’existe pas. Les sols sont plus ou moins dégradés », explique Claire Chenu.

Comment reconnaître un sol en bonne santé ?

Il suffit d’observer. Est-ce que ça pousse ? Après la pluie, l’eau s’infiltre-t-elle ? Pour le vérifier, enfoncez dans la terre une boîte de conserve ouverte des deux côtés, versez-y de l’eau et regardez si elle s’infiltre. Sortez ensuite une bêchée : une terre grumeleuse, percée de galeries, où les racines plongent et où l’on croise vers de terre, cloportes et collemboles est bon signe. Une limite toutefois : une contamination au plomb, au cadmium ou au zinc ne se voit pas à l’œil nu.

Microbiote du sol, microbiote intestinal : quel est le lien ?

Christian Bréchot, ancien directeur général de l’Inserm et de l’Institut Pasteur, a longtemps combattu les agents infectieux à l’hôpital Necker Enfants malades, avant de s’intéresser aux bactéries qui nous veulent du bien en fondant le Microbiome Institute à l’Université de South Florida aux États-Unis. Le microbiome comme on l’appelle (ou microbiote) ce sont des milliards de bactéries, virus et champignons. Il y existe un microbiome humain, mais aussi des microbiomes du sol et des océans. « Chez l’Homme, explique Christian Bréchot, on parle du microbiome de la peau, de l’intestin, pulmonaire, vaginal, oral… » Les populations de bactéries qui les composent vont apparaître chez le nouveau-né, et se développer pendant deux ou trois ans pour façonner nos défenses immunitaires et notre métabolisme. Lorsque l’équilibre entre les bactéries pro-inflammatoires et anti-inflammatoires qui le compose se rompt, il devient l’un des facteurs de déclenchement de maladies inflammatoires, neurodégénératives ou de certains cancers.
« Or ce microbiome ne vit pas en vase clos ! » précise Christian Bréchot. D’abord parce que sols et intestins fonctionnent de façon comparable : autour des racines, dans la rhizosphère, bactéries et plantes échangent en permanence, exactement comme les bactéries changent avec la paroi intestinale. Ensuite parce que les deux mondes communiquent : par le contact avec la terre, par l’air, et par ce que nous mangeons. Une vaste étude publiée en 2024, portant sur des aliments de 50 pays, montre que fruit, légumes, poissons et produits laitiers nous transmettent des bactéries que l’on retrouve ensuite dans l’intestin. Elles ne pèsent que quelques pour cent de notre microbiote, probablement « 3 à 5 %, ça peut avoir un impact énorme », car elles en augmentent la diversité. Et « la diversité, c’est la santé » explique Christian Bréchot.

Les enfants qui grandissent en milieu rural ont ainsi moins d’allergies et d’asthmes sévère. En Finlande, des chercheurs ont apporté du sol forestier dans la cour de quatre crèches urbaines : en quelques semaines, le microbiote et certains marqueurs immunitaires des enfants avaient évolué. Des résultats à confirmer, mais prometteurs.

« Il est aberrant de s’imaginer qu’on peut avoir une santé humaine sans avoir une santé des sols. » conclut Christian Bréchot

Sols dégradés : quelles conséquences pour notre santé ?

Selon le Centre commun de recherche de la Commission européenne, 62 % des sols de l’Union sont dégradés par au moins l’un de ces facteurs : artificialisation, érosion, tassement, contamination, perte de matière organique et de biodiversité, salinisation. Et ce sont 80 % des sols agricoles qui sont dégradés ! En grandes cultures, les causes sont connues : des sols laissés nus, trop peu nourris en matière organique, tassés par des engins toujours plus lourds et exposés à des pollutions diffuses, aux pesticides.

Dans certains pays, c’est parce qu’ils sont irrigués par une eau de mauvaise qualité qui les salinise.

Côté santé, concernant le cancer, Christian Bréchot rappelle que certains pesticides agissent à trois niveaux : directement sur l’organisme en déclenchant des lésions cancéreuses, sur le microbiome intestinal dont ils perturbent l’équilibre entre les différentes bactéries, et sur celui des sols.
Autre enjeu, moins connu : l’antibiorésistance. Les sols sont des réservoirs naturels de gènes de résistance ; les déséquilibres qu’on leur infligent favorisent la sélection de ces gènes, qui peuvent ensuite être transférés à des bactéries pathogènes pour l’humain qui renforce la résistance aux antibiotiques.

Un sol abîmé donne-t-il des aliments moins bons ?

« Le sol influence la qualité nutritionnelle des aliments, car les éléments minéraux qui sont dans le sol vont déterminer ce que la racine peut assimiler » explique Claire Chenu mais « qu’un sol en bonne santé détermine les qualités nutritionnelles, on n’en est pas là » nuance-t-elle. En la matière, la variété cultivée pèse lourd, et la recherche s’est longtemps concentrée sur les rendements, et désormais sur la qualité sanitaire, mais pas sur les qualités nutritionnelles et organoleptiques.

Claire Chenu raconte pourtant une expérience personnelle qui l’a marquée : trois vins de Cahors dégustés, même cépage, même vinification, issus de trois terrasses du Lot qui ne diffèrent que par leur teneur en argile… et trois vins nettement distincts.

Peut-on restaurer un sol dégradé ?

Une contamination aux métaux lourds ou une érosion totale sont très difficiles à rattraper. Mais un sol appauvri ou tassé se répare, grâce à des principes « de bon sens » : le couvrir toute l’année, lui apporter de la matière organique (compost, fumier, résidus de culture…), éviter de le tasser, le travailler le moins possible, fertiliser de façon raisonnée et n’y apporter aucun produit toxique. « Il faut compter au moins cinq ans pour en voir les effets » estime Claire Chenu.
Faut-il réensemencer les sols en bactéries ? Si la technique fonctionne pour des légumineuses, par exemple le soja ou les jeunes arbres en pépinière, elle n’est pas concluante ailleurs, tant la compétition est rude sous terre. « Ce qu’il faut faire pour restaurer un sol, c’est le nourrir » insiste Claire Chenu.

Le parallèle vaut aussi pour nous : une alimentation de qualité et l’activité physique sont les deux premiers leviers d’un microbiome humain en forme.

« Microbiome humaine et microbiome du sol coévoluent ensemble depuis très longtemps, depuis les chasseurs cueilleurs. […] C’est évidemment assez aberrant de s’imaginer qu’on peut avoir une santé humaine sans avoir une santé des sols » explique Christian Bréchot.

Pourquoi il y a des raisons d’être optimiste ?

Pour Gaspard Koenig, auteur du roman Humus, le mot « humain » vient d’ « humus » et « ne pas prendre soin de l’humus nous rend inhumains ». D’où l’importance, à ses yeux, de l’école dehors, pour que les enfants remettent les mains dans la terre. Le philosophe se dit également confiant : pour lui, la bataille des idées est largement gagnée.

Pour illustrer son propos, Gaspard Koenig part d’une scène vécue. Dans la pépinière normande, où il a récemment acheté des haies pour retenir l’eau sur son terrain après un été éprouvant, le pépiniériste lui confie que ses principaux clients sont désormais les agriculteurs, y compris ceux de la plaine de Caen. « Ils ne plantent pas pour faire joli : ils ont constaté la dégradation des sols et le ruissellement », explique-t-il.

Pour lui, le frein n’est pas idéologique. Les agriculteurs manquent de temps, d’argent et d’espace mental pour engager une transition de plusieurs années, souvent sous le poids de l’endettement. C’est donc à la puissance publique d’agir. Il faut réorienter des subventions héritées des années 1960 vers les services environnementaux, comme le fait le Royaume-Uni depuis le Brexit. Il faut aussi structurer les filières et former. À ces conditions, la bascule pourrait être rapide.

Quant à la montée des discours anti-écologistes, elle le rend paradoxalement optimiste. De l’IVG au mariage pour tous, l’histoire montre que le rejet devient le plus virulent juste avant la victoire.

Pour Gaspard Koenig, « le jour où l’écologie devient l’ennemi, des conservateurs au sens large, de gauche et de droite, c’est qu’elle est en train de gagner. Ce n’est plus simplement le petit bonus qu’on met à la fin des programmes en durable. Non ils deviennent anti-écolo, et s’ils deviennent anti-écolo, ça veut dire qu’ils ont compris c’est devenu un changement de paradigme total ».

Le combat des idées est d’ailleurs presque gagné : la recherche, à l’INRAE comme ailleurs, s’oriente massivement vers les solutions fondées sur la nature. Gaspard Koenig explique aussi la victoire intellectuelle qui se joue aujourd’hui qu’il ne faut pas minimiser, conclut-il, car elle rend la suite « inéluctable ».

L’Europe avance aussi : la directive sur la surveillance et la résilience des sols est entrée en vigueur en décembre 2025. Moins ambitieuse que prévu, elle se concentre sur la surveillance, mais « le pied est dans la porte », juge Claire Chenu, qui se réjouit : « on commence à parler des sols. Ils sortent de terre, enfin ! » Christian Bréchot, lui, voit se rapprocher deux mondes qui s’ignoraient : les chercheurs qui étudient le microbiome des sols et ceux qui étudient le nôtre.

Et aussi… ce que vous ne découvrirez que dans cette conférence

Pourquoi Thalès est tombé dans un trou en regardant les étoiles. Ce que Darwin a vu dans les vers de terre. Pourquoi, sans sol, rien ne se décompose (les manchots de l’Antarctique en savent quelque chose). Ce que l’humusation dit de notre rapport à la mort et comment le transplantion de microbiome humain est utilisée pour traiter les cancers…

Les intervenants
Claire Chenu, directrice de recherche à INRAE, professeure émérite de sciences du sol à AgroParisTech, ambassadrice spéciale de la FAO pour l’Année internationale des sols (2015), coordinatrice du programme européen EJP SOIL.
Christian Bréchot, médecin-chercheur, ancien directeur général de l’Inserm et de l’Institut Pasteur, directeur du Microbiome Institute de l’Université de Floride du Sud, coauteur de La Révolution des microbiomes (Odile Jacob, 2024).
Gaspard Koenig, philosophe et écrivain, administrateur de la Fondation, auteur de Humus (prix Interallié et prix Jean Giono 2023), Agrophilosophie et Aqua.
Conférence animée par Stéphanie Clément-Grandcourt, directrice générale de la Fondation pour la Nature et l’Homme.